「YOTSUBA & CAFE」で提供される特別メニューの一例としては、よつばが大好きな、とーちゃんお得意の料理「ソーセージ丼」(単品980円/ドリンクセット1,380円)、ケチャップ味の効いた、とーちゃん特製ナポリタン「ナポリタン目玉焼きのせ」(同)、よつばも作った森永のホットケーキ「ダンボーホットケーキ」(同)、ダンボーの顔を焼き付けた「ダンボーフレンチトースト」(同)などなど。
また、ドリンクメニューには豆から挽いた「とーちゃんのブレンドコーヒー」(450円)、やんだの大好きな「バナナジュース」(同)、よつばの栄養源「よつばの牛乳」(同)などを用意した。
なお、注文特典として、フードメニューにはダンボーランチョンマット、ドリンクまたはドリンクセットにはオリジナルコースターが付属する。