忌野清志郎が病気療養のため出演をキャンセルし、最終日メインステージのヘッドライナーが不在となっていた「FUJI ROCK FESTIVAL’08」（7月25〜27日、新潟・苗場スキー場）。その大トリがプライマル・スクリームに決定した。また、同日メインステージのサブヘッドライナーに The Birthday、クロージングアクトにエイジアン・ダブ・ファウンデイションが決定。この3組はすべて前日にも出演するため、2日続けてステージが楽しめることになる。

開催目前の7月15日に発表された忌野清志郎のがん転移。復帰後初のフジロック出演だっただけに、「ミスター・フジロック」の突然の戦線離脱は多くのファンを落ち込ませた。

代役に決定したプライマル・スクリームは結成26年のベテランバンドで、新アルバム『ビューティフル・フューチャー』をリリースしたばかり。前日のメインステージにも出演するが、1度のステージでは彼らの魅力がすべて味わえないため、ファンにとってはうれしい大トリ決定となった。

このほか、25日のジプシーアヴァロンにDJ HI-GO＆DJ ERA、26日の木道亭に中川五郎の出演が決定。また、忌野清志郎のバンドに参加している三宅伸治が友部正人のステージに、曽我部恵一が鈴木慶一／Captain HATE and The Seasick Sailorsのステージに参加することも決まっている。